1. Use uma alternativa Open Source
Quando alguém me pergunta se pode executar o aplicativo “X” ou “Y” no Linux, a primeira coisa que aconselho é procurar uma alternativa de código livre. Para a maioria dos aplicativos do Windows, haverá uma alternativa livre de qualidade que poderá atender suas necessidades. O maior obstáculo para os novos usuários do Linux é simplesmente saber que essas alternativas existem e como encontrá-los.
Uma boa opção para procurar por esses aplicativos é o site www.osalt.com que oferece as alternativas de código aberto com funcionalidades semelhantes aos programas pagos.
Leia mais sobre alternativas livres: http://softwarelivre.org/
2. Compre um software proprietário projetado para Linux
Se você não consegue encontrar uma alternativa de código aberto e você ainda não comprou um aplicativo do Windows, então você deve considerar a compra de um produto comercial que tenha sido projetado para Linux.
Veja o caso de um engenheiro civil que queria encontrar um substituto de código aberto para AutoCAD. Ele tentou várias aplicações, mas não conseguia encontrar uma que suprisse todas as suas necessidades, até que o cara resolveu usar uma aplicação CAD comercial nativamente projetado para Linux. Ele comprou um exemplar do Bricscad, que funcionou legal e que lhe custou muito menos que o AutoCAD.
O Bricscad lê e grava no formato .dwg e oferece compatibilidade elevada com o AutoCAD.
Leia mais sobre o Bricscad em: http://www.plmexpert.com.br/bricscad.htm
3. Use o Wine para executar o aplicativo no Linux
Se você não consegue encontrar uma alternativa de código livre apropriada e você já possui o aplicativo para Windows, então você pode tentar o usar o Wine, acrônimo recursivo para WINE Is Not an Emulator, WINE Não é um Emulador), uma ferramenta que simula o ambiente Windows.
No entanto, o seu sucesso com o Wine irá variar dependendo da aplicação. Você pode procurar no Wine Application Database e descobrir se o aplicativo roda bem no Wine, a compatibilidade tem aumentado bastante nas últimas versões, já é possível inclusive rodar alguns de jogos de Windows dentro do Linux.
Leia mais sobre o WINE em: http://pt.wikipedia.org/wiki/Wine
4. Execute o Windows em uma máquina virtual
Você pode instalar o aplicativo de código aberto VirtualBox e instalar o Windows e o aplicativo que precisa usar dentro de uma máquina virtual.
Leia mais em: http://blogs.oracle.com/elenilsonvieira/entry/tutorial_usando_o_virtual_box
5. Execute o aplicativo em um sistema Windows remoto
A forma final que você pode rodar aplicativos do Windows é executar o aplicativo em um sistema Windows controlando remotamente em sua maquina Linux. Esse serviço é conhecido como Remote Desktop Services ou Terminal Services, um serviço da Microsoft que permite aos usuários o acesso a informações e programas num servidor Windows remoto através de uma ligação de rede.
Leia mais em: http://under-linux.org/f89/terminal-service-em-linux-118367/
As opções que apresentamos aqui são apenas algumas sugestões, não existe uma alternativa perfeita e a melhor opção vai variar de acordo com as suas necessidades.
Vídeo – Instalação do MS Office 2007 no Ubuntu: